利玛窦的智识传教策略，让他以京城为起点，建立了一个遍布全国的高层友好网络，再利用高层资源在大众中传播天主教。他强调摒弃“欧洲中心主义”，尽量少利用澳门的葡萄牙人资源；文化上要适应性渗透，也就是借助中国已有的概念来传教；同时还要尊重中国已有的一些习俗。比如，天主教要求只准拜上帝，不准跪拜上帝之外的人（包括父母）或物，但中国人有拜父母和祖先的习俗，利玛窦认为，既然中国人有这样的习俗，就必须尊重他们，将对父母和祖先的尊敬与宗教行为区隔开，将它们定义为世俗性活动，承认和接纳这些习俗。通过这种方式，大明帝国的皇帝、官员和百姓们都感受到，天主教不是来和控制他们的，而是来帮助他们的。在吸纳信徒方面，也不强调数量，而只看质量。发展信徒时，通过思辨性的真理来赢得他们的尊重，让其心甘情愿地加入。另外，传教工作需要花钱，以前的传教士发展新教区，都是从罗马方面要钱，而利玛窦更提倡独立，最好能在教区实现自给自足
