他所带来的科学知识也生根发芽，除了瞿太素对于数学爱好之外，徐光启见到他后也对数学及其他学科产生了浓厚的兴趣。见《明史·徐光启传》。与瞿太素的平民身份（他虽然是官僚子弟，但本人没有官职）不同，徐光启最终官至礼部尚书、文渊阁大学士、内阁次辅，他和利玛窦共同翻译过欧几里得的《几何原本》，并写成《农政全书》，研究过天文学。
利玛窦在路上受到太监马堂的刁难，但没能阻止他进京。《熙朝崇正集》记载了利玛窦献给皇帝礼物的清单。包括时画天主圣像一幅，古画天主圣母像一幅，时画天主圣母像一幅，天主经一部，圣人遗物，各色玻璃，珍珠镶嵌十字圣架一座，万国图志一册，自鸣钟大小二架，映五彩玻璃石二方，大西洋琴一张，玻璃镜及玻璃瓶大小共八器，犀角一个，沙刻漏二具，乾罗经一个，大西洋各色锁袱共四匹，大西洋布并葛共五匹，大西洋行使大银钱四个。
见《利玛窦中国札记》第四卷第十四章。
