利玛窦又遇到了之前认识的礼部尚书王忠铭。王忠铭对利玛窦掌握的天文地理知识印象深刻。由于数学不发达，中国的天文知识一直落后于阿拉伯人和西方世界。又由于天文学的落后，中国的历法总是不够准确。礼部恰好是负责历法的部门，王忠铭希望利玛窦随他去南京，帮助朝廷修订历法。于是利玛窦就有了第二次前往南京的机会，此时已经是万历二十六年（1598）。
他们到达南京，发现这里的气氛更加糟糕。万历二十五年（1597），由于日本权臣丰臣秀吉再次进攻朝鲜，导致中日战争全面升级。在战争中，朝廷倾向于把所有外国人都当作敌人，四处捉拿奸细。王忠铭虽然能够保护利玛窦，却无法让他被南京接受，于是，只好以给皇帝送礼品的名义将他带往北京（他们带了两座大型钟表作为礼物）。
