明朝官场风气的好处是一切都可以斡旋，利玛窦等人在肇庆经过数年耕耘，已经获得更多基层官员的宽容。由于基层官员的巧妙斡旋，总督最终让步。虽然这些外国人被赶离了作为两广总督驻所的肇庆，却被允许前往韶州，于是，韶州光孝寺就成了利玛窦传教的第二个据点。见《利玛窦中国札记》第三卷第一章。刘继文驱逐传教士时试图给他们一笔钱作为补偿，利玛窦没有接受这笔钱，这样的做法让廉洁的刘继文很吃惊，于是刘继文将驱逐改为离开肇庆到辖区内任何一个其他城市居住，利玛窦选择了韶州。
见《利玛窦中国札记》第三卷第二到第八章。
与肇庆相比，韶州虽然在广东省内的政治地位低一些，却是中原通往广州的必经之路。于是，利玛窦在这里反而有了更多的机会结交往来于此的权贵。由于远离政治中心，韶州当地官员也显得更加随意，甚至周边的县官也邀请传教士前往做客。见《利玛窦中国札记》第三卷第二到第八章。
见《明史·日本传》。
随着结交的人越来越多，一个新的机会出现了。万历二十年（1592），日本权臣丰臣秀吉入侵朝鲜，引发了中日战争。见《明史·日本传》。在战争中，明朝官员发现他们拥有的地理知识无法应付战争的需要。在韶州见过利玛窦的兵部侍郎石星负责此次战事，决定联系传教士，希望借助他们的地理知识来制定战略，于是将利玛窦从韶州带往明朝的南方都城南京。
